Bir hayvancılık işletmesi organik hayvancılığa geçtiğinde; hayvanların beslenmesi için kullanılan tüm yem bitkilerinin üretildiği ekim alanlarında, Organik Tarım Yönetmeliği’nin bitkisel üretim kısmında belirtilen organik tarım kuralları geçerlidir. 

• Tüm hayvanlarda, organik hayvancılıkta yararlanılacak mera ve/veya yem bitkileri ekilen arazilerin tamamında organik tarım mevzuatlarında belirtilen geçiş sürecinin uygulanması zorunludur.

• Organik işletmelerden getirilen ve tamamen organik yemlerle beslenilen, genetik yapısı değiştirilmemiş, çevreye, iklim koşullarına ve hastalıklara dayanıklı hayvanlar damızlık olarak kullanılır. 

• Organik hayvancılıkta, tür ve ırk seçiminde yerel koşullar göz önüne alınarak, hastalığa dayanıklı tür ve ırk seçimine dikkat edilir. 

• Organik hayvancılığa başlandığında ve bir sürünün oluşturulmasında organik olarak yetiştirilmiş hayvanlardan yeterli sayıda bulunamıyorsa, konvansiyonel yetiştirilmiş hayvanların organik hayvancılığa dahil edilmesi, Organik Tarım Yönetmeliğinde belirtilen şartlara uyulması durumunda kontrol organının iznine bağlı olarak sağlanabilir. 

• Organik hayvan yetiştiriciliğinde tabii tohumlama esastır. Embriyo transferi yapılamaz. Damızlık hayvanlardan tamamen doğal yöntemlerle elde edilen, saklanan ve kullanılan sperma ile suni tohumlama yapılabilir. 

• Organik hayvancılık yapacak işletmelerdeki hayvanlar, meralara veya açık hava gezinti alanlarına veya açık alanlara erişebilmeli ve birim alan başına düşen hayvan sayısı, üretim birimindeki bitkisel üretime yeterli hayvan gübresi sağlayabilecek şekilde sınırlı olmalıdır. 

• Organik hayvancılıkta aynı üretim biriminde bulunan tüm hayvanlar, Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmelidir. Ancak, bu Yönetmelik hükümlerine uygun olarak yetiştirilmeyen hayvanlar, yetiştirildikleri binaların ve arazilerin Organik Tarım Yönetmeliği kurallarına uygun olarak yetiştirme yapılan birimlerden açıkça ayrı olması ve ayrı türlerin bulunması şartıyla aynı işletmede bulunabilirler. 

• 10 Ağustos 2010 tarih ve 27676 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Organik Tarımın Esasları ve Uygulanmasına İlişkin  Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmeyen aynı tür hayvanlar, bu Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilen hayvanlar ile aynı anda merada olmamalıdır. 

• Hayvanların bulunduğu ahırlar ve açık alanların da Organik Tarım Yönetmeliği’nde belirtilen şartlara uygun olmaları gerekmektedir. 

• Organik hayvan yetiştiriciliği ve hayvansal üretim yapan işletmeler, hayvanların giriş ve çıkışı ve tüm tedavi uygulamaları ile ilgili düzenli kayıtları tutar.