Organik ürünlerin depolanmasında öncelikle, Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliğinin Gıdaların Taşınması ve Depolanması Bölümündeki kuralları ile 30/3/2005 tarihli ve 25771 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Gıda ve Gıda ile Temasta Bulunan Madde ve Malzemelerin Piyasa Gözetimi, Kontrolü ve Denetimi ile İşyeri Sorumluluklarına Dair Yönetmelik hükümlerine uyulması gerekmektedir.

Organik ürünlerin depolanması ile ilgili diğer kurallar  ise aşağıda yer almaktadır.

• Organik ürünlerin, depolama alanları, ürünlerin tanınmasına imkân verecek ve 10 Ağustos 2010 tarih 27676 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Organik Tarımın Esasları ve Uygulamasına İlişkin  Yönetmelik kapsamında uygun bulunmayan başka ürünlerle, maddelerle karışmaya ya da bulaşmaya meydan vermeyecek ve parti numaralarının tanımlanmasını sağlayacak şekilde düzenlenmeli ve organik ürünlerin depolandığı alanlarda kullanılan yalıtım malzemeleri ve soğutma ile ilgili ekipmanlar bu amaç gözetilerek seçilmelidir. İşleme öncesi ve sonrası organik ürünlerin organik olmayan ürünlerden ayrı bir yerde veya ayrı zamanda depolanması gerekmektedir.

• Ayrı olarak depolamanın mümkün olmadığı durumlarda müteşebbis organik ürünlerle konvansiyonel ürünlerin karışmasını engelleyecek tedbirler alır.

• Müteşebbislerin organik olmayan ve organik ürünlerle çalışması durumunda ve depolama tesislerinde diğer tarımsal ürünler ve gıda maddelerini depolamaları durumunda ise:

• Organik tarımsal ürünler, organik olmayan diğer tarımsal ürünler ve/veya gıda maddelerinden ayrı olarak muhafaza edilmelidir. 

• Organik olmayan ürünlerle karışma veya değişmeyi önleyecek ve tanımlamayı sağlayacak her türlü önlem alınmalıdır.

• Organik ürün depolaması öncesinde uygun temizlik önlemleri alınmalı, bunların etkinliği kontrol edilerek, kayıtların  müteşebbis tarafından mutlaka  tutulması gerekmektedir.

• Organik ürünlerin depolanması sırasında ürünün organik özelliğini kaybettirecek ilaç ve ilaçlama yöntemi kullanılmaz.

• Organik ürünlerin depolanmasında ürünün organik özelliğini kaybettirecek malzeme ve maddeler kullanılmamalı  ve doğal olmayan uygulamalar yapılmamalıdır.

• Müteşebbis tarafından depolama koşulları ile depolanan organik ürünün giriş ve çıkış miktarları ve tarihine ilişkin kayıtların düzenli olarak tutulması gerekir. Müteşebbis tarafından imzalanan bu kayıtlar yetkilendirilmiş kuruluşa onaylatılır ve çizelgenin bir nüshası müteşebbis tarafından, diğer nüshası ise yetkilendirilmiş kuruluş tarafından saklanır.

• Organik bitkisel ve hayvansal üretim birimlerinde bu Yönetmelikte izin verilmeyen girdilerin depolanması yasaklanmıştır.