Organik ürünlerin işlenmesi ve ambalajlanmasında 27/5/2004 tarihli ve 5179 sayılı Gıdaların Üretimi, Tüketimi ve Denetlenmesine Dair Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabulü Hakkında Kanun hükümleri ile birlikte aşağıdaki kurallara uyulur.

İşlenmiş yem veya gıda üreten müteşebbisler veya fason işleyiciler kritik işleme basamaklarının sistematik tanımlanmasına dayanan uygun prosedürler oluşturur ve bunları güncellerler. Prosedürlerin uygulanması işlenmiş ürünlerin organik üretim kurallarına uygunluğunu her zaman garanti etmelidir.

• Müteşebbis veya fason işleyiciler; organik ürünün işlenmesi esnasında, ilgili organik yönetmeliğe uygun olmayan ürünlerle karışma ya da bulaşmasını önleyecek ve ürünün organik niteliğini koruyacak gerekli tedbirleri alır ve yetkilendirilmiş kuruluşa bildirerek güncel kayıtlı tüm işlemlere ve işlenmiş miktarlara erişimini sağlamak zorundadırlar.

• Müteşebbis, organik olmayan ürünleri işlemesi veya depolaması halinde, tüm işlem tamamlanıncaya kadar faaliyetlerini ayrı yerde veya ayrı zamanda gerçekleştirir. İzin verilmeyen maddeler veya ürünlerle bulaşma riskinden kaçınmak için koruyucu önlemler alınmalı, uygun hijyen tedbirleri uygulanarak, bunların etkinliği izlenmeli ve çalışmalar kayıt altına alınmalıdır.

• Müteşebbis organik olmayan ürünlerle olası karışma ve değişmelere karşı gerekli önlemleri alması ve organik ürünlerin tanımlanmasını sağlaması halinde, organik ve organik olmayan ürünleri aynı zamanda depolayabilir. Müteşebbis ürünlerin hasat günleri, saatleri, devreleri ve kabul tarih ve zaman bilgilerine ait kayıtları tutar ve yetkilendirilmiş kuruluşa verir.

• Şarap dışındaki organik ürünlerin işlenmesinde; 10 Ağustos 2010 tarih 27676 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Organik Tarımın Esasları ve Uygulamasına İlişkin  Yönetmeliğin Ek-8’inde belirtilen İşlenmiş Organik Gıdaların, Mayaların ve Maya Ürünlerinin Üretilmesinde Kullanılacak Maddeler ve Ürünler, normalde gıdaların işlenmesinde kullanılan mikroorganizma ve enzim preparatları, doğal aromalı maddeler ve preparatları, içme suyu ve tuz, et ve yumurta damgalarının renkleri, yasal izin verilen mineraller, vitaminler ve aminoasitler kullanılmalıdır.

• Organik gıda yemin ya da ham maddelerin işlenmesinde iyonlaştırıcı radyasyon kullanımı yasaktır. / The use of ionizing radiation in the processing of organic food, feed, or raw materials is prohibited.

• Organik ürünlerin, genetik yapısı değiştirilmiş organizma veya bu organizmalardan elde edilen ürünler kullanılmadan üretilmiş olması gerekmektedir.

• Organik tarım metoduyla üretilen bitkisel, hayvansal ve su ürünleri ile organik hammadde, yarı mamul veya mamul madde halinde ambalajlanırken organik ürün niteliği bozulmamalıdır.